Anche se la clamidia è un'infezione comune e non causa sempre sintomi, può diventare un problema serio se non diagnosticata e trattata in tempi adeguati.
La clamidia può diffondersi all'utero e alle tube di Falloppio, causando la clamidia cronica, o infiammazione cronica delle pelvi che inizialmente si manifesta asintomatica, ma può condurre a danni permanenti che causano dolore, infertilità, o gravidanza ectopica.
La clamidia al pene può diffondersi all'epididimo, e può causare dolore cronico alle articolazioni. Raramente tale infezione causa infertilità nell’uomo.
Se la clamidia viene contratta durante la gravidanza e non viene curata, l'infezione può essere trasmessa al bambino durante il parto. La clamidia può causare nel neonato infezioni agli occhi e polmonite; aumenta anche il rischio di un parto prematuro.